Основная функция централизованных бухгалтерий — осуществление бухгалтерского учета по отдельным статьям расходов государственных учреждений, принадлежащих тому или иному ведомству на основании договоров с этими учреждениями о централизации расходов.
Централизованные бухгалтерии осуществляют работу по составлению и исполнению смет расходов бюджетных учреждений, ведут учет исполнения смет расходов и осуществляют систематический контроль за ходом их исполнения, за состоянием расчетов, сохранностью денежных средств и товарно-материальных ценностей, за правильным и экономным расходованием бюджетных средств, а также обеспечивают правильное и своевременное составление периодической и годовой отчетности об исполнении бюджета.